Teito Klein es un huérfano y ex-esclavo que se convirtió en el mejor estudiante de la academia militar del Imperio de Barsburg debido a su habilidad con el Zaiphon, un tipo de poder sobrenatural. Esta habilidad es muy rara de ver, por lo tanto es muy apreciada. Teito no recuerda su niñez antes de volverse esclavo, y sólo mediante unos sueños que tiene, puede recordar algunas cosas. Después de estar un año en la academia, Teito tiene que hacer el examen de graduación, el cual aprueban 1 de cada 25 alumnos. La noche anterior al examen Teito y su mejor amigo Mikage, juran que siempre se ayudarán el uno al otro. Ambos logran aprobar el examen. Al día siguiente, Teito entrega unos documentos a un profesor cuando observa a un oficial llamado Ayanami, Teito lo recuerda pues lo vio asesinar a su padre en uno de sus sueños/visiones. Teito lo ataca, volviéndose causa de esto un fugitivo buscado del imperio y es así donde incian sus aventuras en su busqueda por hallar su verdadera identidad y recuperar las memorias perdidas de su niñez.